這兩者並沒有本質上的區別，合夥協議糾紛屬於合同糾紛。合同當事人是平等主體的公民、法人或者其他組織，合同行爲是民事法律行爲。因此合同糾紛本質上是一種民事糾紛。民事糾紛應當透過協商、調解、仲裁、訴訟等民事手段解決。民事訴訟方式不同於行政訴訟方式和刑事訴訟方式。行政方式透過行政手段直接介入合同糾紛，不符合法律的平等理念。刑事途徑是國家以刑事手段解決合同糾紛。一旦合同需要透過刑事手段解決，就不能稱之爲合同糾紛，而是刑事案件。
合夥協議是合夥人爲共同出資、共同經營而達成的書面協議。合夥協議是合同的一種，出現合夥協議糾紛的，屬於合同糾紛，當事人可以協商處理，如果協商不成的，可以向法院起訴。
二、什麼方法能解決合同糾紛?
合同糾紛解決方式如下：
1、和解。指當事人因合同發生糾紛時可以再行協商，在尊重雙方利益的基礎上，就爭議的事項達成一致，從而解決糾紛的方式。
2、調解。指在第三人的主持下，透過運用說服教育等方法來解決當事人之間的合同糾紛。
3、仲裁。
4、訴訟。指合同糾紛發生後，當事人如果沒有仲裁協議，任何一方均可以向人民法院提起民事訴訟，請求人民法院對合同糾紛依法予以處理。
三、合夥合同糾紛起訴是怎樣的?
1、案件的判決結果要看法律規定以及雙方的證據。現在，尚未開庭，判決結果未出，不能判定法官的行爲是否偏袒，現在主要是對訴訟程序不瞭解，纔會產生各種誤會。
2、法官主動調取證據是法律法規允許的，有法律法規規定的情形的，法院可以主動調取證據或應一方申請調取證據，並不屬於偏袒一方。您如果有法律法規規定的情形，也可以申請法官主動調取證據。
3、立案八個月未開庭確實是不正常的，可以向有關機關反映。但如果被告充分利用了法律規定的程序，拖延開庭的時間，立案八個月未開庭是可能存在的。如果是被告利用法律規定的程序，與法官無關。律師就經常利用法律規定的程序，拖延審判的期限，以取得對自己最有利的結果。
4、被告就同一案件起訴原告，是正常的，可能屬於反訴，也可能是另行起訴。
合夥協議糾紛和合夥合同糾紛沒有區別，合同糾紛的處理方式有四個，分別是和解，調解，仲裁，訴訟。合同發生糾紛時，可以透過和解的方式解決，在尊重雙方利益的基礎上，對於爭議的事情造成一致意見，也可以在第三人的主持下，調解矛盾。
