合同專用章和公章的效力是一樣的，但是合同專用章的使用範圍更窄，實踐中有的公司並沒有合同專用章，是直接在合同上蓋所在公司的公章。
合同章和公章的區別
從法律上說，公司公章與公司合同專用章在合同簽署的效力方面沒有差異，公司之所以在公章之外，還另行刻制合同專用章，主要原因如下：
1、因爲公司公章與公司合同專用章在使用與管理上存在區別。
第一、二者的管理部門不同。公司合同專用章的管理部門一般爲法律部門，公司公章的管理部門一般爲公司的綜合管理部門。
第二、用途範圍及效力不同。公司合同專用章專用於合同的簽訂，其效力僅限於合同簽訂。公章則具有代表公司的功能，其效力除了合同的簽訂以外，還可涉及及於公司一切事務，如檔案、通知及證明等，具有行政管理作用。
2、因爲公司的合同工作具有常規性、專業性、使用合同專用章可以實現合同的專項管理，更好地控制合同風險。
根據《中華人民共和國企業法人登記管理條例》第十六條規定：“申請企業法人開業登記的單位，經登記主管機關覈准登記註冊，領取《企業法人營業執照》後，企業即告成立。企業法人憑據《企業法人營業執照》可以刻制公章、開立銀行帳戶、簽訂合同，進行經營活動。”在這裏，出現了“公章”的字樣。國內的實際情況是，一個企業法人領取了營業執照以後，就可以刻制三枚公章並在工商局備案：公章、合同專用章和財務專用章。一般來說，這三枚公章是具有代表企業法人行爲的、具有法律效力的印鑑。根據企業的業務範圍不同，有的企業可能還需要刻制報關專用章，這枚章需要在海關備案。
公章在所有印章中具有最高的效力，是法人權利的象徵，在現行的立法和司法實踐中，審查是否蓋有法人公章成爲判斷民事活動是否成立和生效的重要標準。除法律有特殊規定外(如發票的蓋章)，均可以公章代表法人意志，對外簽訂合同及其他法律檔案，具有極高的法律效力，凡是以公司名義發出的信函、公文、合同、介紹信、證明或其他公司材料均可使用公章。
因此公司在簽訂合同時加蓋合同專用章，可以使得合同生效經過法律部門人員的審查把關，能夠有效防止合同不經法律審查就直接對外簽訂生效問題的出現，能夠更好的建立和完善合同避險制度，嚴格把控合同簽訂時的法律風險。
