司法鑑定中心不是由法院指定的，首先當事人可以申請具有資質和能力的司法鑑定中對所需要鑑定的內容進行判定，其次就是如果當事人雙方對司法鑑定中心給出的鑑定結果如果存在爭議，可以重新申請法院進行再次鑑定，最後就是當事人兩方如果都確定不了司法鑑定中心，這種情況可以有法院來進行安排。
司法鑑定的相關規定：
2007年8月司法部公佈的《司法鑑定程序通則》規定，“司法鑑定機構和司法鑑定人進行司法鑑定活動，應當遵守法律、法規、規章，遵守職業道德和職業紀律，尊重科學，遵守技術操作規範。”
“司法鑑定機構和司法鑑定人應當保守在執業活動中知悉的國家祕密、商業祕密，不得泄露個人隱私。
未經委託人的同意，不得向其他人或者組織提供與鑑定事項有關的資訊，但法律、法規另有規定的除外。”
“司法鑑定機構和司法鑑定人在執業活動中應當依照有關訴訟法律和本通則規定實行迴避。”
“司法鑑定機構和司法鑑定人進行司法鑑定活動應當依法接受監督。對於有違反有關法律規定行爲的，由司法行政機關依法給予相應的行政處罰;有違反司法鑑定行業規範行爲的，由司法鑑定行業組織給予相應的行業處分。”
“司法鑑定機構應當加強對司法鑑定人進行司法鑑定活動的管理和監督。司法鑑定人有違反本通則或者所屬司法鑑定機構管理規定行爲的，司法鑑定機構應當予以糾正。”
“司法鑑定機構應當統一受理司法鑑定的委託。”
“司法鑑定機構接受鑑定委託，應當要求委託人出具鑑定委託書，提供委託人的身份證明，並提供委託鑑定事項所需的鑑定材料。委託人委託他人代理的，應當要求出具委託書。
