一、施工合同在備案合同前還是後
施工合同在前，備案合同在後，發包方與承包方就施工工程首先需要簽訂施工合同，然後在7日內進行備案，施工合同經過備案具有法律效應，一旦雙方就施工問題產生了糾紛，可以到人民法院提起訴訟。法律對於建設工程合同的備案有具體的規定，《房屋建築和市政基礎設施工程施工招標投標管理辦法》第47條規定：“訂立書面合同7日內，中標人應當將合同送工程所在地的縣級以上地方人民政府建設行政主管部門備案。”根據法律的相關規定，建築工程合同備案的流程和要求較爲嚴格，備案後查詢更有利於糾紛的解決。
二、施工合同和備案合同不一致按哪個結算
依據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十一條的規定：當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作爲結算工程價款的根據。因爲合同備案後具有法律效應，所以備案合同與施工合同內容不一致，需要以備案合同爲準來進行結算。
(一)、依據《招投標法》
第四十六條、招標人和中標人應當自中標通知書發出之日起三十日內，按照招標檔案和中標人的投標檔案訂立書面合同。招標人和中標人不得再行訂立背離合同實質性內容的其他協議。
(二)、必須招投標的工程項目，招投人沒有按照法定招投標的程序進行招投標，而是自行招標或者是議標的，視爲沒有辦理招投標手續，所簽訂的建設工程施工合同無效。建設工程糾紛按照無效合同處理。
《招投標法》第五條、招標投標活動應當遵循公開、公平、公正和誠實信用的原則”。自行招標或者議標，無法保證公開、公平、公證。
(三)、必須招投標的工程項目，因串標、圍標等原因導致中標無效的，所簽訂的施工合同也無效。建設工程施工合同發生糾紛，按照無效合同處理。
合同備案後，雙方又簽訂了與備案合同實質性內容不同的施工合同或者補充協議的，前後兩份合同均無效，應當按照實際履行的合同進行結算。因爲中標無效，前合同無效。因爲工程項目爲必須招投標的項目，後合同沒有招投標也無效。
(四)、必須招投標的工程項目，沒有經過招投標就簽訂了施工合同，有的承包人已經進場施工，因無法辦理施工許可證和開工證，又補辦了招投標手續，仍然以前一個合同的承包人中標，簽訂了施工合同，進行備案的，前、後兩份合同均無效。應當按照實前合同因沒有辦理招投標無效，但是，前合同是當事人真實的意思表示，是實際履行的合同。後合同因招標人與投標人串標中標無效，導致備案合同無效。
一般來說簽訂施工合同後進行備案，施工合同和備案合同的內容應該是完全一致的，現在有一些施工單位爲了躲避責任簽訂了兩份不同內容的合同，一旦發生糾紛，進入法律程序，則只能按備案合同結算工程款，法律認定的有效的也是備案合同。
