工程合同是指承包人進行工程建設，發包人支付價款的合同。工程款就是承包人提供勞務的所得。營業稅是對在中國境內提供應稅勞務、轉讓無形資產或銷售不動產的單位和個人，就其所取得的營業額徵收的一種稅。因此工程款是屬於納稅範圍的，營業稅屬於流轉稅制中的一個主要稅種。2011年11月17日，財政部、國家稅務總局正式公佈營業稅改徵增值稅試點方案。2015年5月，營改增的最後三個行業建安房地產、金融保險、生活服務業的營改增方案將推出，不排除分行業實施的可能性。其中，建安房地產的增值稅稅率暫定爲11%，金融保險、生活服務業爲6%。因此，工程合同需要納稅，具體稅率包括了以下幾項：
1、增值稅：按照工程結算款計算增值稅，稅率是11%。
2、城建稅：按增值稅計算繳納城建稅，城建稅稅率：納稅人所在地在市區的，稅率爲7%;納稅人所在地在縣城、鎮的，稅率爲5%;納稅人所在地不在市區、縣城、鎮的，稅率爲1%。
3、教育費附加：按增值稅計算繳納，稅率3%。
4、印花稅：按建築安裝工程承包合同金額的 0.3‰ 計算繳納。
綜上，工程合同也根據國家相關規定來繳納稅收。