一、員工不加班扣工資合法嗎
不合法。
用人單位不能強迫員工加班，更無權剋扣工資。用人單位安排員工加班，必須事先與員工及工會進行協商。如用人單位事先未與員工及工會協商或者用人單位安排的加班違反了勞動法律法規的有關規定，員工有權拒絕加班。
同時有以下情況的不得安排員工加班：
(一)妊娠期的女員工，不應延長其勞動時間。
(二)女員工懷孕7個月以上，用人單位不能安排她們加班。
(三)女員工在哺乳期內，用人單位不能安排她們加班;哺乳期指的是女員工在哺乳未滿一週歲的嬰兒期間。
但在特殊條件，單位要求加班員工不能拒絕：
(一)發生自然災害、事故或者因其他原因，威脅員工生命健康和財產安全，需要緊急處理的。
(二)生產設備、交通運輸線路、公共設施發生故障，影響生產和公衆利益，必須及時搶修的。
(三)法律、行政法規規定的其他情形。發生以上情形，員工不能拒絕加班。
二、加班後該怎麼算加班工資
1.計算基數
根據《勞動法》第44條的規定加班工資是以工資作爲計算基數的，所以要了解加班工資的計算基數首先要了解工資是由哪幾部分構成的。
《關於工資總額組成的規定》第4條規定“第四條工資總額由下列六個部分組成：(一)計時工資;(二)計件工資;(三)獎金;(四)津貼和補貼;(五)加
班加點工資;(六)特殊情況下支付的工資。”
根據這個規定工資的基數應該包括各種形式的工資、獎金和補貼，比如基本工資，崗位工資，級別工資、超產獎、年終獎、全勤獎以及飯貼和交通
補貼等項目。計算加班工資的時候這些項目都應該累加起來。
2.計算加班工資的時間標準
加班工資都是以小時作爲計算單位來計算的，因此要計算加班工資首先要算出小時工資。自2008年1月3日起，月標準工作天數爲21.75。
具體計算公式爲
月工資性收入÷21.75÷8小時×加班小時數×150%(或者200%或者300%)
用人單位若需要安排員工加班，首先需要與員工協商，經過員工的同意之後才能做出安排，一般情況下員工可以拒絕單位加班要求，但是特殊情況則例外。若是員工拒絕加班，單位也不能以此爲藉口扣工資，甚至解除與員工的勞動合同，這些行爲都是違法的。
