不合法。
根據《關於貫徹執行〈中華人民共和國勞動法〉若干問題的意見》的規定：職工患病或非因工負傷治療期間，在規定的醫療期間內由企業按有關規定支付其病假工資或疾病救濟費，病假工資或疾病救濟費可以低於當地最低工資標準支付，但不能低於最低工資標準的80%。
由此可知，在病假期間勞動者還是可以領取到工資的，只是可能沒有原來的工資那麼多，但不能因此就認定爲是被扣了工資。如果是在病假期間，用人單位直接扣除工資，屬於違法行爲，勞動者可以到當地的勞動部門投訴，如投訴還無法解決的，可以到當地的勞動仲裁委員會提起勞動仲裁。
《關於貫徹執行〈中華人民共和國勞動法〉若干問題的意見》第五十九條 職工患病或非因工負傷治療期間，在規定的醫療期間內由企業按有關規定支付其病假工資或疾病救濟費，病假工資或疾病救濟費可以低於當地最低工資標準支付，但不能低於最低工資標準的80％。
