1、扣稅憑證丟失時由直接保管人承擔相應責任。
2、丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，且丟失前已認證相符的，由專業部門經辦人負責協調與銷售方聯繫，取得相應專用發票記賬聯複印件(加蓋發票專用章)及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》(以下統稱《證明單》)，並及時傳遞給發票管理人員，作爲增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯複印件和《證明單》留存備查，按照扣稅憑證歸檔要求進行管理。
丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，由專業部門經辦人負責協調與銷售方聯繫，取得相應專用發票記賬聯複印件(加蓋發票專用章)及銷售方所在地主管稅務機關出具的《證明單》，並及時傳遞給發票管理人員，發票管理人員憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯複印件進行認證，認證相符的，可憑專用發票記賬聯複印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作爲增值稅進項稅額的抵扣憑證。
3、公司丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票的發票聯複印件留存備查;如果丟失前未認證的，可使用專用發票的發票聯認證，專用發票的發票聯複印件留存備查。
4、公司丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作爲記賬憑證，專用發票抵扣聯複印件留存備查。
如果只是丟失了增值稅專用發票的抵扣聯或發票聯其中一聯的，處理起來就比較簡單，但如果抵扣聯和發票聯同時丟失的，處理起來相對就複雜很多，增值稅專用發票畢竟不同於普通發票丟失後可以補開，所以一定要小心保管。
