1、兩者的本質不同。第三人撤銷之訴本質是新訴，是對第三人實體權益的救濟並且是第一次救濟。案外人執行異議是特別救濟程序。
2、兩者適格主體範圍不同。第三人撤銷之訴的適格主體是“因不能歸責於本人的事由未參加訴訟”的有獨立請求權的第三人和無獨立請求權的第三人，並且第三人必須是原審訴訟案件外的第三人。案外人執行異議的主體，法律沒有明確規定，案外人申請再審之訴的主體主要是指物權人但不限於物權中的所有權人。
執行過程中，案外人對執行標的提出書面異議的，人民法院應當自收到書面異議之日起十五日內審查，理由成立的，裁定中止對該標的的執行;理由不成立的，裁定駁回。案外人、當事人對裁定不服，認爲原判決、裁定錯誤的，依照審判監督程序辦理;與原判決、裁定無關的，可以自裁定送達之日起十五日內向人民法院提起訴訟。
按照啓動程序的先後，當事人只能選擇一種相應的救濟程序，不能同時啓動兩種程序，且一旦選定不允許再審變更。
先啓動第三人撤銷之訴程序的，即使第三人又在執行程序中提出執行異議，第三人撤銷之訴繼續進行。若第三人不服駁回執行異議裁定的，不能再按照《民事訴訟法》第的規定申請再審;
先啓動執行異議程序的，第三人對駁回其執行異議裁定不服的，應按照《民事訴訟法》的規定申請再審，透過審判監督程序救濟，不能再提起第三人撤銷之訴。
所以第三人撤銷之訴和案外人之訴的區別就在於他們的主體是不一樣的，第三人撤銷之訴的主體是和原來的訴訟案件沒有關係的，而案外人之訴的民事主體，就是發起訴訟案件的雙方相關當事人，而且第三人撤銷之訴，他算是一種新的訴訟案件，但是案外人之訴，他不能夠是算新的訴訟案件。他是對原來的案件進行再次的審覈，所以他們是存在着一定差異的。
