指定管轄辦理流程是上級人民法院以裁定方式，指定下級人民法院對一個案件行使管轄權。
由上級人民法院以指定的方式確定管轄不明的案件的管轄權管轄不明的情況，應當由爭議各方在審限內協商解決；協調不成的，由爭議的人民法院分別逐級報請共同的上級人民法院指定管轄。
法律依據：
《刑事訴訟法》第二十五條
刑事案件由犯罪地的人民法院管轄。如果由被告人居住地的人民法院審判更爲適宜的，可以由被告人居住地的人民法院管轄。
第二十六條
幾個同級人民法院都有權管轄的案件，由最初受理的人民法院審判。在必要的時候，可以移送主要犯罪地的人民法
