海關進行稽查時，應當在實施稽查的3日前，書面通知被稽查企業、單位，在特殊情況下，經海關關長批准，海關可以不經事先通知進行徑行稽查。海關稽查應當組成稽查組，稽查組的組成人員不得少於二人。海關稽查時，工作人員應當出示海關稽查證。海關稽查可以行使下列權力：
一是查閱、複製被稽查人的帳簿、單證等有關資料;
二是進入被稽查人的生產經營場所、貨物存放場所，檢查與進出口活動有關的生產經營情況和貨物;
三是詢問被稽查人法定代表人、主要負責人和其他有關人員與進出口活動有關的情況和問題;
四是經海關關長批准，查詢被稽查人在商業銀行或者其他金融機構的存款帳戶。
海關稽查時，發現被稽查人有可能轉移、藏匿、篡改、譭棄帳簿、單證等有關資料的，經海關關長批准，可以暫時封存其帳簿、單證等有關資料;發現被稽查人的進出口貨物有違反海關法和其他有關法律、行政法規規定嫌疑的，經海關關長批准，可以封存有關進出口貨物;被稽查人所在地不具備海關稽查組查閱或者複製帳簿、單證等有關資料的工作條件或者因其他原因稽查組需要在其他場所進行查閱、複製的，經稽查組組長批准並徵得被稽查人同意後，由稽查組制發《帳簿單證調審單》，實施異地查閱或者複製;依法進入被稽查人的生產經營場所、貨物存放地檢查與進出口活動有關的生產經營情況和貨物。
發現被稽查人有《稽查條例》第二十九條、第三十條所列行爲之一的，可以制發《限期改正通知書》責令被稽查人在規定期限內改正，逾期未改正的可以對被稽查人及負有直接責任的主管人員和其他直接責任人員進行處罰;發現關稅或者其他進口環節的稅收少徵或者漏徵的，由海關依照海關法和有關稅收法律、行政法規的規定向被稽查人補徵;因被稽查人違反規定而造成的少徵或者漏徵的，由海關依照海關法和其他有關稅收法律、行政法規的規定追徵。對封存的貨物，經海關稽查排除違法嫌疑的，海關應當立即解除封存，經海關稽查認定違法的，由海關依照《海關法》和《海關行政處罰實施條例》的規定處理。經海關稽查，認定有走私行爲、違反海關監管規定行爲的，依照《海關法》和《海關行政處罰實施條例》處理。
