海關在收到企業反饋的稽查報告之日起30日內作出《海關稽查結論》，並送達企業。稽查結束。海關在稽查中發現企業有走私、違反海關監管規定行爲嫌疑的，海關予以立案調查。具體的稽查流程是：
1、通知
海關決定對企業實施稽查時，提前3日將《海關稽查通知書》送達企業，企業收到通知書後應及時與海關聯繫，並按通知中的稽查範圍準備相應帳冊、業務單證及有關資料。
當企業有重大違法嫌疑，企業的會計帳簿、會計憑證、會計報表、會計電算化資料、報關單證等有關資料或進出口貨物可能被擅自轉移或譭棄，以及特殊情況海關認爲有必要時，海關可不事先通知企業而徑行稽查。徑行稽查時海關將《海關稽查通知書》當面送達企業。
2、實施
海關實施稽查時，企業應配合海關稽查工作，其法定代表人或主要負責人或其授權代表應到場，如實反映情況，並提供必要的工作條件。
此階段，海關稽查人員查閱、複製企業的帳簿、單證等有關資料。企業應按海關要求提供有關資料，協助清點、複製，並在複印件上簽字、蓋章。企業所在地不具備查閱或複製帳簿、單證等有關資料的工作條件或者其他原因稽查組需要在其他場所進行查閱、複製的，由稽查組制發《帳簿單證調審單》，實施異地查閱或者複製。當海關稽查人員認爲有必要時，可對企業有關人員製作《詢問筆錄》，企業有關人員應如實回答海關工作人員的提問，詢問結束後在《詢問筆錄》上簽字(蓋章)
當海關稽查人員認爲有必要的，可對企業的生產經營場所和進出口貨物存放場所進行檢查。檢查時，企業的法定代表人或主要負責人或其授權代表應到場，按照海關的要求開啓場所、搬移貨物，開啓、重封貨物的包裝。檢查結束後，企業應在海關工作人員填寫的《檢查記錄》上簽字(蓋章)
當海關稽查人員認爲有必要的，可對企業的帳簿、單證等有關資料和進出口貨物實施封存。封存時海關出具《封存通知書》，並對帳簿、單證等有關資料和貨物加貼海關專用封志。企業在對封存物清點後應當在《封存通知書》所附清單上簽字(蓋章)
3、報告
海關稽查人員根據稽查情況撰寫稽查報告，並徵求企業意見。
企業收到稽查報告後，應在7日內向稽查組提出書面意見，逾期未提交的，視爲無意見。
