爲了保證驗證稽查的質量和效果，嚴格、統一的驗證稽查作業規範顯得至關重要。根據海關相關制度規定，稽查組實施驗證稽查要嚴格把握這樣幾個主要作業內容：
首先，要儘快“認識”企業，也就是要摸清企業基本情況。海關企業稽查部門根據企業管理部門的驗證稽查要求，組成驗證稽查組深入企業後，要透過調查企業內部控制制度情況，包括企業基本內控制度、進出口貨物流內控制度、進出口資金流內控制度以及貿易安全管理相關內控制度的基本特點和執行情況，做到對企業總體情況“瞭然於胸”。
其次，要逐漸“熟悉”企業，也就是對企業實施符合性測試和實質性測試。這是驗證稽查的核心作業環節。稽查組將運用現代審計方法對企業進出口生產經營貨物流、資金流、單證流及貿易安全情況進行深入驗證，以保證對企業守法狀況和貿易安全情況的全面瞭解和掌握。具體是依據對企業有關內控制度的調查瞭解情況，進行符合性測試，逐項或抽樣測試和印證有關內控制度的規範性、健全性和有效性。之後以符合性測試結果爲基礎實施實質性測試，審覈有關賬簿、單證和相關資料的真實性、準確性和合法性，並進一步判斷和評估被稽查企業守法狀況或貿易安全情況。
最後，要做出企業的“健康狀況報告”，也就是全面客觀評估企業誠信守法狀況。稽查組在完成全部實質性測試後，將對被稽查企業有關內控制度的規範性、健全性和有效性，以及進出口守法狀況或貿易安全情況進行總體評價，作出相應的《海關稽查結論》，並對照海關管理、企業經營管理和貿易安全管理的有關規定要求確定被稽查企業能否透過驗證稽查。同時，稽查組要將驗證稽查結果直接反饋給驗證稽查提交部門即企業管理部門，爲AA類企業評定提供實質性參考依據。驗證稽查將給企業帶來什麼?
驗證稽查透過客觀驗證評估企業誠信守法狀況，爲企業進一步優化經營管理帶來積極影響：
讓企業對自身的“健康狀況”心中有數。納入海關驗證稽查範圍的企業，一般內部管理機制相對成熟規範，惡意走私違法逃避海關監管的風險相對偏低，這類企業存在的普遍問題大多是在不瞭解海關管理規定情況下造成自身經營管理與海關管理要求相脫節，而驗證稽查將海關管理的觸角延伸至企業內部，與企業進行“零距離”接觸，並運用審計方法全面“檢查”企業“健康狀況”，讓企業客觀瞭解掌握自身經營行爲與海關管理要求的差距，從而幫助企業查找影響其規範守法經營和健康良性發展的癥結所在，爲其改善經營管理創造條件。
全面規範企業進出口行爲，讓“優”者更優。在驗證稽查過程中，稽查組發現企業經營管理存在薄弱環節的，可以引導幫助企業進行整改規範，促進企業守法自律。經過整改規範的企業，內部控制機制進一步優化，規範經營和誠信守法水平進一步提高，大多能夠順利透過驗證稽查。即便企業確因進出口行爲存在較大問題最終不能透過驗證的，客觀上講，這次稽查已經爲企業下一次透過順利驗證奠定了基礎。相反，對於“時間就是效益”的進出口企業來說，如果遲遲不敢接受海關驗證稽查，就意味着要錯失其評定“AA類”的良機而被擋在“便捷通關”的大門之外。
