公安機關將刑事案件向檢察院移送起訴後，被檢察院退回的，公安機關主要是有二種做法：
1、如果公安機關認爲應該追究犯罪嫌疑人的刑事責任的，應進行補充偵查，並在一個月後向檢察院再次移送起訴。根據《刑事訴訟法》的規定，公安機關補充偵查以二次爲限。
2、如果在案件被檢察院退回後，公安機關發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，並且通知原批准逮捕的人民檢察院。
《刑事訴訟法》
第一百六十條公安機關偵查終結的案件，應當做到犯罪事實清楚，證據確實、充分，並且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一併移送同級人民檢察院審查決定;同時將案件移送情況告知犯罪嫌疑人及其辯護律師。
第一百六十一條在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，並且通知原批准逮捕的人民檢察院。
第一百七十一條人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認爲可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次爲限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
檢察院如果退回公安機關所進行提交批捕申請的話，一般來說就是公安機關所進行調查的案件內容還有不清楚的地方，需要再次進行補充調查，如果公安機關認爲犯罪嫌疑人的確是屬於無罪情況的話，就會直接對犯罪嫌疑人進行如果認爲犯罪嫌疑人有罪的話，還會進行繼續調查。
