(一)在實踐中，把握生產、銷售有毒、有害食品罪罪與非罪的界限應當注意以下幾點：
(1)是否違反食品衛生法規，尤其注意是否違反《食品衛生法》。違反食品衛生法規是構成本罪的前提，不違法就不構成犯罪。
(2)生產銷售的食品是否有毒、有害的食品。判斷食品中是否有毒、有害，要由專業的食品衛生監督機關進行鑑定。如果無毒、無害或者毒性很小，危險性也很小，則不構成犯罪。
(3)行爲人主觀上是否出於故意。如果行爲人出於過失，不知道生產銷售的食品是有毒、有害的食品且沒有造成嚴重後果，則不構成犯罪。
(二)本罪與生產、銷售不符合衛生標準的食品罪界限。
兩罪在犯罪客體、主體和主觀方面具有相同或者相似之處。廣義上來說，摻入有毒有害的非食品原料的食品本身也是一種不符合衛生標準的食品。但生產、銷售有毒、有害食品罪與生產、銷售不符合衛生標準的食品罪的主要區別在於：
(1)犯罪的對象不同。犯罪對象是含有有毒、有害物質，可能對消費者即不特定多數人的生命、健康權利造成不利影響的食品;而生產、銷售不符合衛生標準的食品罪的犯罪對象則要廣泛得多，主要是不符合衛生標準的食品。
(2)犯罪客觀方面的行爲不同。本罪在客觀方面表現對在生產、銷售的食品摻入有毒、有害的非食品原料或者銷售明知摻有有毒、有害的非食品原料的食品的行爲;生產、銷售不符合衛生標準的食品的客觀方面表現爲食品中摻雜、摻假，以假充真，以次充好或者以不合格食品冒充合格食品的行爲。
(3)生產、銷售有毒、有害食品罪是行爲犯罪，不要求必須有實害結果的發生;生產、銷售不符合衛生標準的食品罪是危險犯罪，只要出現法定的危險狀態，就構成該犯罪的既遂。
(三)本罪與投放危險物質罪的界限。
投放危險物質罪是指故意投放有毒性、放射性、傳染病病原體等危險物質，危害公共安全的行爲。投放危險物質罪中的投放有毒性物質的行爲和生產、銷售有毒、有害食品罪在客觀方面都使用了毒物，並且均危害了公共安全，有一定的相同或者相似之處。但它們的區別也是明顯的，主要是：
(1)犯罪客體不盡相同。投放危險物質罪的客體爲公共安全;本罪的客體爲複雜客體，具體包括國家對食品衛生的監督管理秩序和廣大消費者即不特定多數人的生命、健康權利。
(2)犯罪客觀方面不盡相同。投放危險物質除了可以在食品中投放有毒物質外，也可以在其他場合投放有毒物質;本罪在客觀方面表現爲在生產、銷售的食品中摻入有毒、有害的非食品原料或者銷售明知摻有有毒、有害的非食品原料的食品。
(3)犯罪主體不盡相同。投放危險物質的主體爲一般主體且只能是自然人，14週歲以上的人可以構成投放危險物質罪;本罪的主體爲生產者、銷售者，既可以是年滿16週歲的自然人，也可以是單位。
