當事人因爲運輸合同發生糾紛，除協商或仲裁機構申請仲裁的，如果提起訴訟，根據我國《民事訴訟法》第27條規定，管轄法院的確定爲：“因鐵路、公路、水上、航空運輸和聯合運輸合同糾紛提起的訴訟，由運輸始發地、目的地或者被告住所地人民法院管轄。”也就是說上述三個地方的法院有管轄權，可以選擇適用。
如果當事人向這些法院都提起了訴訟，根據《中華人民共和國民事訴訟法》第三十五條之規定：“兩個以上人民法院都有管轄權的訴訟，原告可以向其中一個人民法院起訴;原告向兩個以上有管轄權的人民法院起訴的，由最先立案的人民法院管轄。”
