根據法律的規定，侵犯商業祕密賠償計算方式和商標、專利計算方式大致相同：1、被侵權人因爲侵權遭受的損失，2、侵權人因爲侵權獲得的利益。但是我們注意到順序和商標、專利不同，首選的方式是被侵權人的損失。下面分析具體運用：
1、被侵權人因爲侵權遭受的損失
一般來說，確定侵犯商業祕密的實際損失應當充分的考慮以下因素：
(1)研製開發成本，包括花費的時間、金錢和付出的努力等，必須將該部分成本計入實際損失。
(2)現實的利益損失。使用商業祕密正在給權利人帶來的經濟利益，涉及到生產成本的降低、銷售額的提高、利潤率的增加等。侵犯商業祕密造成權利人現實利益的喪失屬於實際損失。
(3)將來的競爭優勢，即權利人對將來利益的合理預期。在因爲披露而使商業祕密喪失的情況下，或者實際情況表明不易於責令停止違法行爲的情況下，將來的競爭優勢的喪失往往是實際損失的組成部分。確定此種損失應當考慮商業祕密新穎性的程度、經濟價值的大小、利用週期的長短、市場競爭的程度、市場前景的預期等。
2、侵權人因爲侵權獲得的利益
從侵害商業祕密行爲的損害賠償實踐來看，計算實際損失往往是非常困難的，計算利潤則是相對比較容易的。就西安的案例而言，中冶連鑄公司與四川川威和山東泰山分別簽訂了板坯連鑄機的設計、安裝等總合同，兩個合同的總金額爲1.48億餘元，但是，由於從卷中現有的中冶連鑄公司的財務賬目中無法確定其因兩個合同所獲取的利潤。庭審中，原告的訴訟代理人向法庭提交了中國重型機械工業協會的專家評估意見，認爲板坯連鑄機成套設備設計、製造的平均銷售利潤爲12%，按中冶連鑄公司簽訂的兩份合同的金額計算(7296萬元+7560萬元)×12%=1782萬元。合議庭認爲，賠償額採取此種方法計算是較爲客觀的。
3、承擔合理的費用。
這個合理的費用與商標、專利的相關規定差不多，都是調查取證的費用開支。是不是支援律師費，並沒有明確的規定，在司法實踐中，有的法院是會支援的。
4、連續侵權問題
連續侵權問題，商標、專利最高院都有明確的解釋，但是商業祕密卻沒有。某些侵犯商業祕密的行爲和侵犯商標、專利權一樣是連續的，有的持續時間較長，此時，對損失額的計算，不能簡單地以被告的侵權所得爲損失額，還必須考慮時效問題，如果被害人早已知道被告人的侵權行爲，卻沒有采取任何措施，在超過訴訟時效之後，才向有關機關尋求救濟的，在審判實踐中，其損失額的計算應當自向有關機關尋求救濟之日起向前推算兩年計算，超過兩年的損失不予保護。
