基於當事人意思自治原則，人民法院可以一併審理，不存在技術上的問題。判決的情形歸納如下：
(一)政府對土地之確權行爲合法的，判決維護。
(二)土地確權主要證據充分，而存在程序或適用法律錯誤的判決確認違法由人民法院以司法權確認土地權。
(三)土地確權主要證據不足，而法庭可查明事實的直接由法院判決確權。
(四)土地確權主要依據不足，而人民法院又無法查明權屬的亦由人民法院本着尊重歷史、方便生產、生活的原則，依相鄰權理論法律作出土地權屬判決。
由於行政行爲具有確定力，一旦作出，就應被推定爲合法有疚。法律要求相對人予以信任和依賴。基於信賴因素的存在，法律也應保護相對人基於依賴所生之利益，禁止政府行爲以任何藉口任意變更既有行政決定甚至反覆無常，哪怕是“有錯必糾”也應受到必要的限制。
在行政的審判也應當對相對人的依賴利益予以高度重視，對違法行政行爲實行有限有撤銷，土地確權案件主要涉及第三人的利益。現行行政訴訟法雖然設立了第三人制度，但對第三人是否可以提出獨立的訴訟請求沒有明確規定，以至導致人民法院在只要原告啓動訴訟程序時即時被訴具體行政行爲是否合法進行全面審查，第三人的舉證對被訴具體行政行爲的審查是否有參考作用法律規定態度不明，從而忽視了第三人的利益。
以土地確權案件爲例，第三人對土地的佔有、使用是基於被告的審批、確認，爲維護法律秩序和社會生活的穩定，爲禁止政府行爲反覆無常，信守承諾應該對相對人因信賴政府而取得的利益予以保護，這是行政法信賴利益保護原則的應有之義。因此，行政的審判應該關注第三人基於對被告的信任而取得的財產或其他方面的利益保護，不能因被告的違法行爲而承擔實際上的損失。
在不服頒發土地證的土地確權案件中，實踐中一般不作土地爭議理解，更容易忽視第三人的利益。特別是在當事人已修房蓋屋的情況下，撤銷證件將會帶來更大的社會隱患。只要不存在證件兩證權利衝突、重疊問題一般不能撤銷。而最合乎實際的方法應將其歸爲土地使用權爭議處理，政府在處理爭議中首先對爭議問題作出處理，如果須要撤銷證件，由此造成的損失被告應給予適當的補償，在人民法院審理土地權屬爭議案件中對當事人持有的土地使用證件只要不存在權利衝突的一般也不能否認其效力，這既是出於對維持社會安定性的考慮，也是對誠信政府的一種支援。
在涉及土地確權案件中，輕易地撤證行爲可能使政府無所適從，也使人民法院無所適從。值得強調的是人民法院否認頒證的合法性，依職權再作土地權屬的裁判，必然強調當事人的舉證責任，兼顧政府在行政行爲中的檔案材料，在事實確定難以查清的前提下，只能以公平原則、以尊重歷史、方便生產生活爲原則，當然法院的司法能力將承擔考驗。
