合夥合同糾紛和合夥協議糾紛區別是有的；具體來說，合同和協議的區別如下：
在法律上，合同比協議更加有說服力;合同會寫得比較清楚，且涉及到違約責任，即使其名稱寫的是協議，也是屬於合同的;協議的內容基本寫得都不詳細，如果其名稱寫的是合同，也不能叫其爲合同，而是協議;協議是簽訂合同的前提，合同是協議的具體化。
二、合夥協議糾紛案件怎麼處理？
1、合夥人之間權利、義務關係明確，各合夥人承擔債務的份額容易確定，合夥人之間爭議不大的，在審理個人合夥對外債務案件時，可以一併確定合夥各方應承擔債務的份額，但在裁判文書中應明確各合夥人之間承擔的是連帶責任;如合夥人之間對如何分擔債務爭議較大，將合夥組織對外債務與合夥內部債務糾紛一併處理不利於案件及時審理的，可以分開審理。
2、償還合夥債務超過了自己應當承擔數額的合夥人或者部分合夥人對外承租了全部合夥債務後，在向其他未承擔合夥債務的合夥人行使追償權時，其他合夥人均應列爲訴訟當事人。
3、對合夥經營期間帳目的核實，應堅持“誰主張，誰舉證”的原則，由提出主張的一方當事人舉證，在受理案件前儘可能要求當事人清算。在訴訟中核實合夥帳目，可採取以下方式：
(1)、在審判人員的主持下，由各方當事人對所提供帳目單據逐一審覈。
(2)、法院將當事人提供的帳目單據委託審計部門進行審覈。
(3)、當事人自行委託審計機關對帳目進行審覈。
法院對當事人自己或者審計機關對帳目的審覈結果應進行審查。當事人對審覈結果無異議的，可予認定;對審覈結果雖有異議，但又提不出相反證據的，對其異議不予支援。
綜合上面所說的，合夥合同糾紛和合夥協議糾紛都是屬於在合夥的過程中一方不履行自己的義務而產生的，但對於合同與協議也是存在區別的，對於合同要比協議更具有說服力，所以，在處理的時候就需要結合實際情況來定，這樣才能保障到自己的權益。
