1、內容上的區別。合夥人訂立合同和協議裏的內容不同，產生糾紛時需要向法院提起訴訟，需要提供合同或者是協議，合同或協議一般只是名稱，叫法的不同。產生糾紛的只要不違反法律和道德風俗，當事人可以任意約定合同或協議的名稱，內容，形式，都是有效的。
2、需要承擔的法律責任不同。合夥人在簽訂合同與協議雖然有其共同之處，但兩者也有其明顯區別。合同的特點是明確、詳細、具體，並規定有違約責任;而協議的特點是沒有具體標的、簡單、概括、原則，不涉及違約責任。從其區別角度來說，協議是簽訂合同的基礎，合同又是協議的具體化。
二、協議糾紛怎麼解決
1、協商和解。
一般而言，爲避免更多問題，合同履行發生糾紛時，首先應當雙方自願友好協商，協商不成才向法院起訴(仲裁須有仲裁條款)。
和解：雙方就合同約定條款的理解產生爭議，可簽訂補充協議，對爭議事項予以明確;雙方就合同履行產生爭議時，可就合同履行訂立協議，如金錢糾紛可以約定如何支付，最遲何時支付以及未支付的違約責任等。
2、調解。
(1)、人民調解委員會調解當事人發生合同糾紛，可以向糾紛當事人所在地或者糾紛發生地的人民調解委員會申請調解。
(2)、行政調解：主要特指工商行政管理機關居中對合同當事人的糾紛進行調解。
3、仲裁。
這種爭議解決方式必須在約定發生爭議時的由某地區仲裁委員會審理。如果當事人之間沒有仲裁條款的約定，則不能提交仲裁審理。
4、訴訟。
訴訟是解決爭端的最主要途徑，由人民法院審理。除勞動爭議案件外，只要合同雙方當事人未約定仲裁條款，即可向法院提起訴訟解決爭議。
三、協議糾紛主要包含哪些種類
1、有無效合同糾紛：從合同的效力角度來對合同糾紛進行的劃分。
2、口頭和書面合同糾紛：從合同的形式角度來對合同進行的劃分。
3、國內和涉外合同糾紛：從合同是否具有涉外因素來劃分合同種類。
4、有名和無名合同糾紛：從合同名稱是否法定角度來對合同進行劃分。合同法具體規定名稱的合同爲有名合同，其他合同則爲無名合同。
5、標準和非標準合同糾紛：從合同條款是否標準化的角度來劃分合同糾約納。
當合夥人沒有遵守合同中的約定，就會產生糾紛，無論當時簽訂的是合同還是協議，只是在內容、承擔的法律責任上有所不同，起訴的方式是相同的，首先應當按照合同或協議的條款協商解決，協商不成可以到當地人民法院提起訴訟。
