委託第三方付款協議合法的。按照規定，當事人約定由債務人向第三人履行債務的，債務人未向第三人履行債務或者履行債務不符合約定，應當向債權人承擔違約責任。因此，該公司的做法是可以的，只要雙方同意，並在合同上寫明權利義務就行。法律依據：《民法典》第九百二十一條委託人應當預付處理委託事務的費用。受託人爲處理委託事務墊付的必要費用，委託人應當償還該費用並支付利息。
