當借款合同發生糾紛時，當事人雙方首先應及時協商解決。因爲協商解決有利於維護雙方的感情，有利於以後繼續合作，而且協商解決簡便、迅速、耗費少、便於執行，因而是一種常用方法。
如果當事人協商不成，任何一方均可向合同管理機構申請調解、仲裁，也可以直接向人民法院起訴。在利用訴訟方式解決糾紛時，法院一定要及時、正確地審理案件，解決糾紛，不要久拖不決，以減少雙方當事人的經濟損失，維護國家、社會和公民個人的利益。根據《民事訴訟法》的規定，解決借款合同的糾紛有一定期限限制。其期限適用《民法總則》（自2021年1月1日起廢止）關於一般訴訟時效的規定，即從知道或應當知道權利被侵害之日起三年不向法院請求保護民事權利的，人民法院不予保護其權利。因此，合同當事人，特別是貸款人在借款合同發生糾紛後，要及時解決，不要超過時效限制，使自己喪失勝訴權，從而遭受經濟損失。
《民法典》第五百三十三條合同成立後，合同的基礎條件發生了當事人在訂立合同時無法預見的、不屬於商業風險的重大變化，繼續履行合同對於當事人一方明顯不公平的，受不利影響的當事人可以與對方重新協商；在合理期限內協商不成的，當事人可以請求人民法院或者仲裁機構變更或者解除合同。
