1、備案的施工合同蓋公章還是合同章都可以。
公章在所有印章中具有最高的效力，是法人權利的象徵。除法律有特殊規定外(如發票的蓋章)，均可以公章代表法人意志，對外簽訂合同及其他法律檔案，具有極高的法律效力，凡是以公司名義發出的信函、公文、合同、介紹信、證明或其他公司材料均可使用公章。
合同專用章，單位對外簽訂合同時使用，可以在簽約的範圍內代表單位，單位需承受由此導致的權利義務;在實際工作中，公章可以代替合同專用章使用。
2、相關法律法規：《民法典》
第四百九十條 【合同成立時間】當事人採用合同書形式訂立合同的，自當事人均簽名、蓋章或者按指印時合同成立。在簽名、蓋章或者按指印之前，當事人一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。
法律、行政法規規定或者當事人約定合同應當採用書面形式訂立，當事人未採用書面形式但是一方已經履行主要義務，對方接受時，該合同成立。
3、從法律上說，公司公章與公司合同專用章在合同簽署的效力方面沒有差異，公司之所以在公章之外，還另行刻制合同專用章，主要原因如下：
首先是因爲公司公章與公司合同專用章在使用與管理上存在區別。第一、二者的管理部門不同。公司合同專用章的管理部門一般爲法律部門，公司公章的管理部門一般爲公司的綜合管理部門。
第二、用途範圍及效力不同。公司合同專用章專用於合同的簽訂，其效力僅限於合同簽訂。公章則具有代表公司的功能，其效力除了合同的簽訂以外，還可涉及及於公司一切事務，如檔案、通知及證明等，具有行政管理作用。
其次是因爲公司的合同工作具有常規性、專業性、使用合同專用章可以實現合同的專項管理，更好地控制合同風險。
綜上所述，對於合同簽訂的時候可以蓋公章也可以蓋合同章，在法律上都是具有效力的。具體的原因上述也有詳細說明，大家可以仔細看看，但是在蓋其他章的時候就要注意了，有可能出現合同無效的情況。
