員工因工傷認定和單位糾紛可以申請勞動仲裁。主要原因是當員工無法證明與僱主有勞動關係時，就會發生糾紛。根據《工傷保險條例》第十八條規定，申請工傷認定應當提交下列材料:(一)《工傷認定申請表》;(二)與用人單位存在勞動關係(包括事實勞動關係)的證明;(三)醫療診斷證明或者職業病診斷證明(或者職業病診斷證明)。根據《勞動爭議調解仲裁法》第二條的規定，中華人民共和國用人單位與勞動者之間發生下列勞動爭議，適用本法:(一)因確認勞動關係發生的爭議;(二)因訂立、履行、變更、解除、終止勞動合同而發生的爭議;(三)退市、辭退、辭職、辭職引起的爭議;(四)工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓、勞動保護髮生爭議的;
(六)法律、法規規定的其他勞動爭議。因此，勞動者申請工傷認定，但不能證明與用人單位有勞動關係，用人單位又不承認與勞動者有勞動關係的，可以申請仲裁。建議員工與公司簽訂勞動合同，保留標籤和工資單等證據。法律依據:《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》第二條第二條在中華人民共和國境內發生的用人單位與勞動者之間的下列勞動爭議，適用本法:(一)因確認勞動關係發生的爭議;(二)因訂立、履行、變更、解除、終止勞動合同發生爭議的;(三)退市、辭退、辭職、辭職引起的爭議;(四)工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓和勞動保護等方面發生的糾紛;(六)法律、法規規定的其他勞動爭議。
