一、公司扣除超過百分之二十的工資怎麼辦?
申請勞動仲裁。因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除後的剩餘工資部分低於當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。雙方當事人約定的勞動者在未完成勞動定額或承包任務的情況下，用人單位可低於最低工資標準支付勞動者工資的條款不具有法律效力。根據該規定，無論勞動者是否完成了勞動定額或承包任務，也無論用人單位和勞動者怎樣約定，只要勞動者提供了正常勞動，用人單位就應當向勞動者發放工資。
二、哪些情況下公司可以扣工資?
1、用人單位不得剋扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：
(1)用人單位代扣代繳的個人所得稅;
(2)用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用;
(3)法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費;
(4)法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
2、因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除後的剩餘工資部分低於當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
三、能夠申請勞動仲裁的事項有哪些?
用人單位和勞動者發生以下勞動爭議可以申請勞動仲裁：
1、因確認勞動關係發生的爭議;
2、因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議;
3、因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議;
4、因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護髮生的爭議;
5、因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議;
綜上所述，公司和員工訂立勞動合同，以後公司會按照合同條款支付工資報酬。如果員工因爲自己的失誤給公司造成財產損失，扣工資是可以的，但是不能超過百分之二十。否則，員工可以要公司補發工資，不行的話找勞動仲裁委員會申請仲裁，走法律程序。
