疫情期間被公司扣了工資,未按時發,勞動者可以依法向勞動爭議仲裁機構申請仲裁,也可以依法向勞動保障監察機構投訴。《勞動法》第九十一條規定:“用人單位有下列侵害勞動者合法權益情形之一的,由勞動行政部門責令其支付勞動者的工資報酬、經濟補償,並可以責令其支付賠償金:(1)剋扣或者無故拖欠勞動者工資的;(2)拒不支付勞動者延長工作時間工資報酬的;(3)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的;(4)解除勞動合同後,未依照本法規定給予勞動者經濟補償的。”