首先，多數農民工法律意識薄弱。勞動爭議訴訟中，很多原告因在勞務報酬等方面缺乏相關書面協議或勞務合同，對勞動報酬的給付標準、給付方式、期限、量化標準等缺乏相關書面依據，在主張權利時很被動。
其次，農民工的勞動工時主要由承包方記工爲主，由承包方或僱主計算工程量、製作持有結算書，勞動者本人在整個勞務合同履行過程中處於被動和弱勢地位。
第三，法院查證難。部分農民工當事人的訴訟中僅有主張而無相關證據，也不能提供相關線索，雙方各持已見，法院無法及時查清事實；有的經較長時間自行索要或經多個部門處理無效後才起訴，歷時較長，證據滅失，證人難尋，證言失真，使法院查證更加困難。
