員工被隔離期間勞動關係繼續存續，被隔離不算曠工。如果員工的勞動合同終止期限早於疫情結束期間的，用人單位應當書面通知員工，勞動合同順延至疫情結束，避免出現未籤書面勞動合同的法律風險以及無固定期限勞動合同的情形出現。
《關於妥善處理新型冠狀病毒感染肺炎疫情防控期間勞動關係問題通知》第一條規定：對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或採取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，並不得依據勞動合同法第四十條、四十一條與職工解除勞動合同。
