申請勞動仲裁，勞動機關會儲存相關的檔案。所謂的案底，是司法機關處罰的檔案，不包括勞動機關的仲裁檔案。不會留下案底。申請勞動仲裁是發生糾紛之後纔會申請的，而案底是在刑事案件的時候，犯罪纔會有的，所以勞動仲裁，申請之後不會產生案底，因爲沒有構成犯罪。
【法律依據】《刑事訴訟法》第二百八十六條，犯罪的時候不滿十八週歲，被判處五年有期徒刑以下刑罰的，應當對相關犯罪記錄予以封存。
犯罪記錄被封存的，不得向任何單位和個人提供，但司法機關爲辦案需要或者有關單位根據國家規定進行查詢的除外。依法進行查詢的單位，應當對被封存的犯罪記錄的情況予以保密。
