一、兩者所依據的法律不同
免予刑事處罰所依據的是《刑法》三十七條的規定，而無罪判決所依據的是《刑事訴訟法》第一百六十二條的規定。
二、兩者的所適用的條件不同
《刑法》第三十七條，免予刑事處罰要符合兩個條件：一是犯罪情節輕微，二是不需要判處刑罰。只有當兩個條件同時符合時，才能適用免予刑事處罰。
《刑事訴訟法》第一百六十二條規定：
（一）案件事實清楚，證據確實、充分，依據法律認定被告人有罪的，應當作出有罪判決；
（二）依據法律認定被告人無罪的，應當作出無罪判決；
（三）證據不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。
即當法律規定爲無罪的和證據不足的應當作無罪判決。
三、兩者的法律後果不同
“免予刑事處罰”是人民法院認定一種行爲構成犯罪，但因犯罪情節輕微，而判決免予刑罰的一種處罰。免於刑事處罰仍構成刑事犯罪，會保留案底。
無罪判決的法律後果是：當嫌疑人被羈押的，應當立即釋放。無罪，當然就無需承擔刑事責任，不受刑事處罰。
