分偵查階段、審查起訴階段、審判階段不同的三種情況，
1.如果在偵查階段，依據刑事訴訟法第一百六十一條在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件。犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，並且通知原批准逮捕的人民檢察院。
2.如果在審查起訴階段，依據刑訴法第一百七十一條，對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
法律依據：人民檢察院刑事訴訟規則(試行) 第六十七條
人民檢察院經審查發現存在刑事訴訟法第五十四條規定的非法取證行爲，依法對該證據予以排除後，其他證據不能證明犯罪嫌疑人實施犯罪行爲的，應當不批准或者決定逮捕，已經移送審查起訴的，可以將案件退回偵查機關補充偵查或者作出不起訴決定。
