由於企業在存續期間，與多方當事人都建立債權債務關係，故而要求企業在改制前，必須完成債務的清償。但是有些企業在改制過程中，會故意隱瞞部分債務，此時債權人可能會提出訴訟請求，在提起企業改制行政訴訟時，需要注意的問題是比較多的。
一、最高院透過的《最高人民法院關於審理與企業改制相關民事糾紛案件若干問題的規定》在解決了企業改制訴訟中的重要實體問題的同時，也就改制訴訟中的程序問題作了規定與明確。
1、在受案範圍上，該規定明確人民法院受理平等民事主體間在企業產權制度改造中發生的民事糾紛案件，包括：企業公司制改造中發生的民事糾紛、企業股份合作制改造中發生的民事糾紛、企業分立中發生的民事糾紛、企業債權轉股權糾紛、企業出售合同糾紛、企業兼併合同糾紛等。這些糾紛具有主體平等性、自願性、等價有償性等民事法律特性，因而具備可訴性。
但對於政府主管部門在對企業國有資產進行行政性調整、劃轉過程中發生的的糾紛，當事人(指政府行政行爲指向的直接相對人)向人民法院提起民事訴訟的，人民法院不予受理。這類糾紛源於政府機關(行政主體)與其下屬的企業(相對人)之間就國有資產在國有資產運營體系內的重新分配、調整行爲的效力問題產生爭議，由於爭議雙方的身份不平等，且爭議屬行政爭議，因此應按行政程序加以解決。《最高人民法院關於因政府調整劃轉企業國有資產引起的糾紛是否受理問題的批覆》中也明確人民法院對此類案件不予受理。國有資產管理局在1998年發佈了《關於國有資產產權糾紛調處工作有關政策問題的通知》爲國有資產產權糾紛的調處工作提供了依據。所以，解決企業改制糾紛應該首先明確爭議各方的主體身份和爭議性質，然後視情況進入行政程序或民事訴訟程序。
2、企業改制訴訟中訴訟主體的確定，主要是指對被告或責任承擔者的確定，這要依訴訟的爭議內容來明確。對於債務糾紛，若當事人有合法有效約定，依約定的內容確定;若被改制企業仍以企業法人資格存續的，則一般由改制後的企業承擔改制前的債務;若被改制企業喪失企業法人資格或註銷的，一般由改制後的企業的資產所有人承擔民事責任;若是遺漏或隱瞞債務，則根據有關除權期的規定確定責任的承擔主體;若是留下空殼企業以逃廢債務的，要追加真正的責任主體。對於其他糾紛，如企業出售合同效力糾紛、企業兼併協議的效力糾紛，則直接以爭議雙方中的對方當事人爲被告。
但也有一些地方在改制的過程中利用國家法律、法規的漏洞，使責任主體不易確定。這時，就應結合《民事訴訟法》、《最高人民法院關於審理與企業改制相關民事糾紛案件若干問題的規定》、《最高人民法院關於人民法院在審理企業破產和改制案件中切實防止債務人逃廢債務的緊急通知》等法律、司法解釋的內容綜合加以判斷。
二、最高人民法院關於審理與企業改制相關民事糾紛案件若干問題的規定中的實體內容。
1、如何認定企業改制的法律效力。根據最高人民法院的相關司法解釋和有關改制檔案，對於已進行的企業改制行爲應從以下幾個方面判斷其效力：
(1)對國有資產進行重大處置的改制方案或相關合同是否得到有審批權限的政府機關或政府的審批(一般情況下由國有資產管理局批准，但涉及國有資產出售的應由有審批權的人民政府審批)。沒有經過審批的，一般應認定爲無效，但對企業兼併合同，當事人在一審法庭辯論終結前補辦報批手續的，人民法院應當確認該兼併協議有效。
(2)是否經過嚴格的資產清查和資產評估程序，清查報告和資產評估報告是否得到有關政
府機關(一般是國有資產管理局或財政局)確認和批准。
(3)負有金融債務的企業進行改制是否依照國家的有關強制性規定，進行了金融債權保全(即負債的企業對所負的金融債務的償還作出切實可行的安排並得到債權人的認可由其出具有關書面檔案)。沒有進行保全的，一般不得進行改制。
(4)改制涉及到對國有資產的處置時，應到國有資產管理機關辦理相關的國有資產產權的設立、變更、註銷登記。沒有登記的，一般不發生(產權變動)改制的效力。
(5)如改制中有關的合同存在可撤銷的事由，則改制的效力取決於撤銷權人是否行使撤銷權，當然，行使撤銷權應在法定的除斥期間以內。
(6)對於企業改制過程中，因爲各種原因遺漏或隱瞞原企業的債務或企業職工的安置存在
疏漏的，一般應維持改制的效力，由各方協商妥善處理遺留問題，以避免因爲宣佈改制無效而引起的資源浪費和社會不安定因素。
(7)企業在改制後，是否依法進行了相關的企業法人變更、註銷登記，若沒有登記的，應督促其登記;若發生債務糾紛的，應追加真正的責任主體，但一般不發生改制無效的後果。
上述內容僅第一項直接規定在司法解釋中，其他六項是本人結合其他規定和多年的辦案經驗總結出來的，這裏系統地介紹給諸位，以供大家在實踐中參考運用。
2、企業改制行政訴訟需要遵循的原則有哪些?
(1)尊重當事人意思自治原則
即原企業(或原企業的出資人)、改制後的企業(改制後的企業的出資人)與債權人之間就改制後原有債務如何承擔達成協議的，只要該協議不存在無效或可撤銷事由，當事人和人民法院應該尊重該協議的效力。企業債權轉股權的改制方式在本質上也是當事人意思自治的一種體現。
(2)法人獨立責任與股東有限責任原則
企業改制在很多情況下只是企業的出資人的變更，其法人資格併爲消滅，因此在改制之後，仍應由改制企業承擔原有債務，企業的出資人以其出資爲限對企業債務承擔有限責任。
(3)企業債務隨責任財產轉移而轉移原則
即爲了使債權人的債權實現有可靠的物質保障，被改制企業的所有財產被視爲其對外承擔責任的擔保財產(所謂責任財產)，在當事人無相反約定的情況下，被改制企業的債務隨企業責任財產的轉移而轉移。在以企業分立、企業整體出售、企業兼併等形式進行改制的，被改制企業的債務一般由接受該企業資產的民事主體在接受改制企業資產的範圍內承擔。
(4)債務的處理
對於改制過程中遺漏或隱瞞的債務，該司法解釋設定了債權人的申權期與除權期，在該除權期(自第一次公告之日起90天以內)內債權人向被改制企業的原出資人(資產管理人)申報債權的，一般由改制後的企業或其新出資人承擔債務後再向原出資人(資產管理人)追償;對於在該除權期內債權人未向被改制企業的原出資人(資產管理人)申報債權的，債權人喪失向改制後的企業或其新出資人主張權利的權利，其只能向被改制企業的原出資人(資產管理人)主張權利。對於被改制企業的原出資人(資產管理人)沒有公告或通知債權人的，發生隱瞞或遺漏債務由誰直接承擔，新的司法解釋沒有明確規定，但根據以前的司法解釋，應由被改制企業的原出資人(資產管理人)直接向債權人承擔債務。
(5)連帶責任原則
這主要適用於企業分立(司法解釋第12條)和債務人借企業公司制改造逃債(司法解釋第6、7條)的情況下，以加強對債權人的利益實現的保護，同時明確了妄圖借企業改制而逃廢債務的企業的財產責任。另外，對於企業債權人與負債企業之間就債權轉股權問題達成協議的(非政策性債權轉股權)，只要不違反國家的法律法規的強行性規定，且是當事人真實意思表示的結果，就應該得到當事人和人民法院的尊重。部分債權人進行債權轉股權的行爲，不影響其他債權人向負債企業主張債權，這就是所謂合同或債權的相對性的要求。
由此我們可以看出，由企業改制所引起的糾紛是民事糾紛，適用的法律是民事規範。針對審理此類案件較爲困難的局面，國家立法機關也制定了一些法律規範，在審理案件時，法官需要以法律條文的規定爲原則，按照程序進行審理。
