一、罪與非罪
這裏主要應注意接送不合格兵員罪與徵兵工作人員工作失誤的界限。如果行爲人主觀上不是明知，而是由於其業務知識、經驗不足，或者是調查研究不夠充分，工作作風不夠深入，思想方法簡單片面造成認識偏頗而發生的錯誤行爲，即使造成一定危害後果的，一般也不構成犯罪，如果情節嚴重或者造成重大後果而構成其他犯罪的，應以其他相應犯罪論處。
二、一罪與數罪
1、在徵兵過程中，如果行爲人的行賄或者受賄行爲構成犯罪，而接送不合格兵員的行爲尚未達到情節嚴重的程度，應按行賄罪或者受賄罪定罪處罰;如果行賄或者受賄行爲不構成犯罪，但接送不合格兵員情節嚴重，構成犯罪的，則應以接送不合格兵員罪定罪，從重處罰。如果兩種行爲都構成犯罪，則應按照牽連犯的處罰原則，擇一重罪處罰，不實行數罪併罰。
2、行爲人在實施本罪的徇私舞弊行爲中，可能僞造、變造、買賣公文、證件、印章，此時又會觸犯他罪，對之應當按照牽連犯的處罰原則擇一重罪而從重論處。
