1、救濟性質不同
行使貨物留置權屬於私力救濟，只要條件成就，債權人可以依靠自己的力量和資源自行留置，無須附加其他義務;而申請扣押船載貨物屬於海事請求保全的強制措施，屬於司法救濟，申請人必須向貨物所在地的海事法院申請，根據《海訴法》第16條的規定，海事法院還可以責令海事請求人提供擔保。
2、是否需要佔有標的物不同
首先，行使貨物留置權的前提是要合法佔有債務人的貨物(是債務人所有還是其合法佔有，如上文所述仍有爭議)，否則留置權無法成立；
其次，留裏貨物期間，留置權人不得喪失對貨物的佔有，否則留置權消滅，當然，被非法剝奪佔有及因司法程序喪失佔有等情況除外。申請扣押船載貨物則無此要求；
最後，由於《物權法》第231條已經不要求商事留置權有牽連關係，這一點已和扣押船載貨物所保全的債權關係一致，但是，扣押的船載貨物必須屬於債務人所有這一條件可能要比貨物留置權嚴格的多，因爲後者留置的貨物是否屬於債務人所有仍有爭議(國際海上貨物運輸下的貨物留置權除外)。
3、相關期限不同
《海商法》第88條規定：“承運人根據本法第87條規定留置的貨物，自船舶抵達卸貨港的次日起滿60日無人提取的，承運人可以申請法院裁定拍賣;貨物易腐爛變質或者貨物的保管費用可能超過其價值的，可以申請提前拍賣。”除貨物易腐爛變質或保管費用過高的情況外，作爲債權人的承運人爲實現貨物留置權須等待60日纔可申請拍賣;作爲債權人的其他海事求人，實現權利的期限《海商法》沒有規定，所以應當適用《物權法》第236條的規定：“留置權人與債務人應當約定留裏財產後的債務履行期間;沒有約定或者約定不明確的，留裏權人應當給債務人兩個月以上履行債務的期間，但鮮活易腐等不易保管的動產除外。”即當事人可以約定債務履行期間，否則應當給兩個月以上的履行期間。申請扣押船載貨物，《海訴法》第16條規定，海事法院在48小時內作出裁定。裁定扣押的，根據《海訴法》第46條規定，海事請求人須在15日內起訴，否則扣押失效。
4、效力不同
貨物留置權是法定擔保物權，行使貨物留置權將使受擔保的債權優先於其他債權(包括抵押擔保債權)受償;申請扣押船載貨物，是海事請求保全的一種，屬於財產保全制度。根據《民事訴訟法》(海事訴訟同時也適用該法)第94條第4款的規定，禁止重複查封和凍結，所以扣押法院有對扣押貨物優先處理的權力;根據1998年7月18日施行的最高人民法院《關於人民法院執行工作若干問題的規定(試行)》第88條第1款的規定：“多份生效法律文書確定金錢給付內容的多個債權人分別對同一被執行人申請執行，各債權人對執行標的物均無擔保物權的，按照執行法院採取執行措施的先後順序受償。”即對海事請求人的債權按照採取執行措施的順序受償。執行措施包括終局的生效法律文書的執行措施，也包括財產保全措施。所以海事請求人申請扣押船載貨物可以得到相對其後執行的俊權人及無物權擔保債權人的優先受償。但是，根據本條第2款規定：“多個債權人的債權種類不同的，基於所有權和擔保物權而享有的債權，優先於金錢債權受償。有多個擔保物權的，按照各擔保物權成立的先後順序清償。”如果某貨物已被留置權人進行留置，或者在法院實施扣押等司法保全措施當時聲明對該貨物行使留置權(留置權人不因司法措施導致的佔有喪失而失去留置權)，行使貨物留置權的債權人將得到比申請扣押船載貨物的海事請求人更優先受償的權利。在這一點上，物權法意義上的貨物留置權也是如此。
5、實現債權的方式不同
《海商法》第88條規定的是“……可以向有管轄權的海事法院申請裁定拍賣”，《物權法》規定的是“債務人逾期未履行的，留裏權人可以與債務人協議以留置財產折價，也可以就拍賣、變賣留置財產所得的價款優先受償。”如上文所述，鑑於《海商法》既未規定其他方式，也未限制其他方式，應當認爲《物權法》規定的折價、拍賣、變賣三種方式都可以適用於貨物留裏權的實現。扣押船載貨物，只是一種海事請求保全措施，債權人實現債權必須依賴訴訟實體判決和執行程序。
綜上，從行使貨物留置權與申請扣押船載貨物的區別可以看出，行使貨物留置權在債權的優先受償、私力救濟的便利以及實現債權的方式的靈活性等方面與申請扣押船載貨物的權利相比具有明顯的優勢。但是，在實踐當中，債權人對於留置權的行駛上並不安全。這就需要債權人在綜合二者的優勢，合理選擇應用，以保障自己的合法權益。
