公司不配合可以自己申請的，也可以透過仲裁勞動關係確認；公司雙方配合不是必經程序，不影響工傷職工申請工傷認定受理。
申請工傷所需材料：
1、工傷認定申請表；
2、身份證複印件；
3、醫院診斷證明或職業病診斷證明；
4、工商企業登記檔案資料；
5、用個單位與勞動者存在勞動關係的證明（如：勞動合同、廠牌、工卡、證人證詞、出入證、罰款單、警告信等）；
6、工傷事故報告書；
7、上下班途中發生交通事故，需提交交通事故認定書、路線圖、房東證明及身份證複印件、鄰居證明及複印件。
《工傷保險條例》第十七條，職工發生事故傷害或者按照職業病防治法規定被診斷、鑑定爲職業病，所在單位應當自事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定爲職業病之日起30日內，向統籌地區社會保險行政部門提出工傷認定申請。遇有特殊情況，經報社會保險行政部門同意，申請時限可以適當延長。
用人單位未按前款規定提出工傷認定申請的，工傷職工或者其近親屬、工會組織在事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定爲職業病之日起1年內，可以直接向用人單位所在地統籌地區社會保險行政部門提出工傷認定申請。
按照本條第一款規定應當由省級社會保險行政部門進行工傷認定的事項，根據屬地原則由用人單位所在地的設區的市級社會保險行政部門辦理。
用人單位未在本條第一款規定的時限內提交工傷認定申請，在此期間發生符合本條例規定的工傷待遇等有關費用由該用人單位負擔。
