1.性質不同
勞動爭議仲裁具有行政和司法雙重特徵。行政特徵是指，仲裁機構是勞動爭議仲裁委員會，而勞動爭議仲裁委員會是由勞動行政部門的代表、同級工會代表和用人單位方面的代表組成，即機構組成具有“三方性”，同時在方針、政策、規章等方面接受勞動行政部門的領導;司法特徵是指勞動爭議仲裁具有一定的裁製權，仲裁機構所作出的裁決書在當事人未於法定期間內起訴的情況下即產生法律強制執行力。
勞動爭議訴訟則是完全的司法性質，具有最終的司法裁判權。
2.依據不同
勞動爭議仲裁的法律依據主要是《中華人民共和國勞動法》和《勞動人事爭議調解仲裁法》;民事爭議訴訟的法律依據主要是《民事訴訟法》。
3.程序不同
法律依據：
《中華人民共和國勞動法》第七十七條
用人單位與勞動者發生勞動爭議，當事人可以依法申請調解、仲裁、提起訴訟，也可以協商解決。調解原則適用於仲裁和訴訟程序。
第七十八條
解決勞動爭議，應當根據合法、公正、及時處理的原則，依法維護勞動爭議當事人的合法權益。
第七十九條
勞動爭議發生後，當事人可以向本單位勞動爭議調解委員會申請調解；調解不成，當事人一方要求仲裁的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。當事人一方也可以直接向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟。
