1.管轄不同。仲裁是協議管轄，而法院訴訟是強制管轄。仲裁以當事人雙方自願爲原則，必須有雙方事前或事後達成的仲裁協議，仲裁機構才能依法受理，並在此種情況下，法院無權受理此案件;而法院訴訟不必得到另一方當事人的同意或者雙方達成訴訟協議，只要-方當事人向有管轄權的法院起訴，法院就可以依法受理爭議案件。仲裁不實行地域管轄和級別管轄，而法院訴訟實行地域管轄和級別管轄。當事人雙方有權選擇任一合法成立的仲裁機構進行仲裁，不同的仲裁機構之間無任何隸屬關係;而訴訟只能依法向有管轄權的法院起訴，當事人無權選擇法院。
2.仲裁庭和法院審判庭的組成方式不同。仲裁可由當事人約定仲裁庭的組成方式並自主選定或者委託指定仲裁員，而法院訴訟當事人不能選擇審判庭的組成方式和審判員。
《勞動爭議調解仲裁法》第二條 中華人民共和國境內的用人單位與勞動者發生的下列勞動爭議，適用本法：
（一）因確認勞動關係發生的爭議；
（二）因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議；
（三）因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議；
（四）因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護髮生的爭議；
（五）因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議；
（六）法律、法規規定的其他勞動爭議。
