1、制定合法有效的企業規章制度
透過民主程序制定的規章制度，不違反國家法律、行政法規及政策規定，並已向勞動者公示的，可以作爲人民法院審理勞動爭議案件的依據。所以用人單位應當制定合法有效的規章制度，建立健全加班審批管理制度，嚴格加班申請流程。確因工作需要進行加班的，應由所在部門將加班申請交人力資源部審覈後，報公司總經理批准後纔可以進行加班，規定員工非因特殊情況未經批准不得擅自在公司加班。要求員工充分利用規定的工作時間完成工作量，提高工作效率，嚴格控制加班。並覈准員工加班工資，實行加班與績效考覈相掛鉤的薪酬制度，儘量避免不必要的加班情況的發生。爲了更好的向勞動者公示，用人單位也可以將加班審批制度約定在勞動合同中。
總而言之，爲了避免日後勞動者與單位就規章制度是否履行了民主程序發生爭議，用人單位要有證據意識，召開全體職工會議或者職工代表大會討論規章制度時，要有會議記錄，並讓參加會議的職工簽字;單位與工會或者職工代表協商確定規章制度時，要求工會或者代表出具相應的證明。
2、正確計算勞動者加班工資
建議用人單位在勞動合同中具體載明勞動者的工資數額，這樣也避免了將來爭議不清的狀況。另外，企業在發放工資時，往往只是籠統地寫明當月總工資。如有加班工資未明確寫明，這樣，員工如果有證據證明加班，仍可以主張加班費。所以加班工資一定要在工資單中單獨列明，制定包含加班工資在內的工資對帳結算單，要求員工領工資時籤確認單，表示對工資計算無異議，親筆簽字後才能領取當月各項工資。這樣做的好處是有效儲存了相關證據，避免了以後員工隨便追索加班工資情況的發生。
3、注意儲存加班記錄
在勞動爭議仲裁中加班工資這一項請求是勞動者主張比較多的。關於勞動爭議中的舉證責任問題，一般情況下適用《民事訴訟法》“誰主張，誰舉證”的基本原則。如果證據由用人單位掌握管理的，用人單位應當提供相關證據，單位不提供的會可以認定對單位不利的事實。所以對於追討加班工資的案件，實踐中一般都是勞動者先對加班事實提供初步證據，然後由仲裁庭要求用人單位提供考勤來具體驗證勞動者是否加班、加班時間以及加班費。根據目前代理的勞動案件，北京市各個區縣支援的是勞動者離職前兩年的加班工資。原因在於《工資支付暫行規定》第六條：“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數額、時間、領取者的姓名以及簽字，並儲存兩年以上備查。”這也就是說用人單位只是對加班記錄有儲存兩年的義務。因此對於此之前是否加班的證據不負舉證責任。
4、利用調休取代休息日加班費
《勞動法》第四十四條第二項規定，“休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低於工資的百分之二百的工資報酬”。因此，如果用人單位安排勞動者休息日加班的，有權優先選擇安排勞動者補休代替支付加班費。
