1、啓動條件不同，仲裁的前提是當事人雙方達成仲裁協議，表明自願將爭議提交仲裁機關。而民事訴訟不需要雙方協商，只要一方的起訴符合法定條件，法院就會受理。
2、機構不同，仲裁委是由人民政府組織有關部門(法制局)和商會統一組建，其監督機構是中國仲裁協會，其仲裁員大多是律師和政府機構人員兼職從事;法院的機構是國家法律的審判機構。
3、當事人權利不同，仲裁是當事人有權選擇仲裁員。而民事訴訟的審判人員由人民法院決定。
4、程序不同，仲裁實行一審終局制。當事人不得就同一事實再次申請仲裁，也不能向人民法院再行起訴、上訴。而民事訴訟可經過一審、二審和再審三個階段。並且仲裁一般不公開審理，這有利於保守當事人的商業祕密。而民事訴訟無特殊情況必須公開審理。
5、收費不同，仲裁費沒有規定可以減交、緩交、免交，民事訴訟符合規定可緩、減、免交訴訟費。
二、經濟糾紛申請仲裁的條件是什麼?
(一)有仲裁協議;
(二)有具體的仲裁請求和事實、理由;
(三)屬於仲裁委員會的受理範圍。
三、民事訴訟的流程是什麼?
1、原告起訴
2、法院受理後將起訴書副本送達被告
3、被告在十五日內提交答辯狀,法院在五日內將答辯狀副本送達原告如果被告不提交答辯狀,不影響審理
4、決定開庭審理的案件,法院在三日前通知當事人並公告
5、法庭調查階段包括:當事人陳述;告知證人的權利義務，證人作證，宣讀未到庭的證人證言;出示書證、物證和視聽資料;宣讀鑑定結論;宣讀勘驗筆錄。
6、法庭辯論包括:原告及其訴訟代理人發言;被告及其訴訟代理人答辯;第三人及其訴訟代理人發言或者答辯;互相辯論。 法庭辯論終結，由審判長按照原告、被告、第三人的先後順序徵詢各方最後意見。
7、法庭辯論終結，應當依法作出判決。判決前能夠調解的，還可以進行調解，調解不成的，應當及時判決。
8、判決宣告。
仲裁機構跟理事法院是完全不同的兩個部門，對經濟糾紛申請仲裁處理的話，仲裁機構的審理週期比民事訴訟短一些。在沒有仲裁協議的情況下當事人申請仲裁的，仲裁機構不會受理。
