刑事案件司法鑑定進行程序：
1、當事人申請鑑定，應當在舉證期限內提出。
2、申請鑑定時，要預交鑑定費用，並提供相關材料。
3、當事人申請鑑定經法院同意後，由雙方當事人協商確定有鑑定資格的鑑定機構、鑑定人員，協商不成時，由人民法院指定。
4、當事人對人民法院委託的鑑定部門作出的鑑定結論有異議申請重新鑑定。
法律依據：
《司法鑑定程序通則》第十五條
具有下列情形之一的鑑定委託，司法鑑定機構不得受理：
（一）委託鑑定事項超出本機構司法鑑定業務範圍的；
（二）發現鑑定材料不真實、不完整、不充分或者取得方式不合法的；
（三）鑑定用途不合法或者違背社會公德的；
（四）鑑定要求不符合司法鑑定執業規則或者相關鑑定技術規範的；
（五）鑑定要求超出本機構技術條件或者鑑定能力的；
（六）委託人就同一鑑定事項同時委託其他司法鑑定機構進行鑑定的；
（七）其他不符合法律、法規、規章規定的情形。
