第一， 兩者侵犯的客體不同。兩種犯罪雖然都侵犯公共財產權，但侵犯程度不同，社會危害性也就不同。貪污罪侵犯的是公共財產所有權中的佔有、使用、收益、處分等全部權能，而挪用公款罪只侵犯公款的佔有、使用和收益權。
第二， 兩者主觀故意的內容不同。貪污罪的主觀故意是非法佔有公共財物，不準備歸還;而挪用公款罪的主觀故意是暫時佔有並使用公款，打算以後予以歸還。判斷挪用公款是否轉化爲貪污，應當按照主客觀相一致的原則，具體判斷和認定行爲人主觀上是否具有非法佔有公款的目的。
第三， 兩者的行爲方式不同。貪污罪在客觀上表現爲使用侵吞、盜竊、騙取等方法將公共財物據爲己有，由於行爲人往往採取銷燬、塗改、僞造單據、帳目等手段，故在現實生活中難以發現公共財物已經被非法侵吞;而挪用公款罪的行爲表現爲擅自決定動用本單位公款，雖然有時也採取一些欺騙手段，但一般不採用侵吞、盜竊、騙取手段。在挪用公款案件中，行爲人通常會在帳面上留下痕跡，甚至會留下借款憑證，沒有平賬舉動，因而透過查賬能夠發現公款被挪用的事實。
法律依據：
《中華人民共和國刑法》第三百八十四條
國家工作人員利用職務上的便利，挪用公款歸個人使用，進行非法活動的，或者挪用公款數額較大、進行營利活動的，或者挪用公款數額較大、超過三個月未還的，是挪用公款罪，處五年以下有期徒刑或者拘役;情節嚴重的，處五年以上有期徒刑。挪用公款數額巨大不退還的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑。
挪用用於救災、搶險、防汛、優撫、扶貧、移民、救濟款物歸個人使用的，從重處罰。
