一、存疑不起訴後再次起訴是否合法?
存疑不起訴後再次起訴是合法的，存疑不起訴後需要重新起訴的必須要確定掌握了他人犯罪的證據。作爲公安、檢察機關也不應忽視客觀存在的社會對存疑不起訴人的消極評價，爲保障其權利，應加大對存疑不起訴案件的補查力度，儘量縮短查清案件的時間，早日給存疑不起訴人一個有罪無罪的明確結論。對此，有學者提出公訴時效的概念，即對存疑不起訴後再起訴權的行使規定一個合理的期限，從檢察機關不起訴決定宣佈之日起計算，在該期限內，檢察機關對被不起訴人未能提起公訴的，不再保留公訴權。
二、存疑不起訴必須退補嗎
我國刑事訴訟法第一百四十條規定，人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對於補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定。這就意味着對公安機關或檢察院偵查部門移送起訴的案件，檢察機關經過審查認爲證據不足，不符合起訴條件，擬作出不起訴決定前，必須退回公安機關或檢察院偵查部門補充偵查。只有將案件退回補充偵查後，仍認爲證據不足，不符合起訴條件，經院檢察委員會討論決定，才能作出不起訴決定。筆者認爲，作出存疑不起訴決定前設定退回補充偵查的前置程序不妥。其理由是：
第一，不符合現代訴訟原理。退回補充偵查的目的是試圖透過在立法上強制設立退回補充偵查的手段，對擬存疑不起訴的案件進一步收集有罪證據，儘可能對移送起訴的犯罪嫌疑人定罪起訴，避免或減少存疑不起訴決定的作出。體現了“疑罪從有”、“疑罪從掛”的思想。這不符合現代刑事訴訟原理，也不利於保障犯罪嫌疑人的合法權益。
第二，不符合訴訟時效原則。訴訟時效原則要求刑事訴訟程序的設定要儘可能簡便。減少訴訟程序，提高訴訟效率，可以降低司法資源的耗費，也可以使刑事訴訟中的犯罪嫌疑人、被告人早日擺脫或減少訴累。對擬作出不起訴決定前，沒有必要設定退回補充偵查的前置程序，應由承辦案件的主訴檢察官根據案件的實際情況，作出是否退回補充偵查的決定。
在當代社會檢察機關所擁有的一項重大的職能就是對於案件來審查一下是否能夠達到起訴的標準，是否向法院來進行訴訟，如果存在這一點的話，就會決定不起訴，當然在不起訴之後案件補充偵查得到非常確切的結果之後，就會再次起訴。
