一、司法制任職存疑不起訴是合法的嗎?
司法制任職存疑不起訴是合法的。我國刑事訴訟法第171條第4款規定：對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。而根據我國刑事訴訟法第171條第三款規定的精神，補充偵查的案件應在1個月內補充偵查完畢，補充偵查以兩次爲限。因此，經過兩次補充偵查，對於事實仍未查清、證據不足的案件，人民檢察院可以作出不起訴的決定。案件經過兩次補充偵查，具有下列情形之一，不能確定犯罪嫌疑人構成犯罪和需要追究刑事責任的，屬於證據不足，不符合起訴條件。
(1)據以定案的證據存在疑問、無法查證屬實的。
(2)犯罪構成要件事實缺乏必要的證據予以證明的。
(3)證據之間的矛盾不能合理排除的。
(4)根據證據得出的結論具有其他可能性而無法排除的。
二、決定存疑不起訴注意事項
人民檢察院根據上述情形作出不起訴決定後，如果發現了新的證據，證明案件符合起訴條件時，可以撤銷不起訴決定，提起公訴。對於存疑不起訴應當注意的是，只有案件經過兩次補充偵查後，人民檢察院仍然認爲案件事實不清、證據不足時，纔可以作出不起訴決定。因此，案件經過兩次補充偵查和案件事實不清證據不足，是刑事訴訟法規定的存疑不起訴的必要條件，人民檢察院必須嚴格執行，只有這樣，才能既可以防止放縱犯罪分子，又可以防止久偵不決、久押不放的現象，更好地保護公民的合法權益。
檢察院的職員是需要審查移交上來的刑事案件，並且確定對於案件的證據不存在疑惑之後纔會起訴的，若是審查的過程中，發現的一點比較多，此時就可以存疑爲由不起訴，此種情形下公安機關依舊是需要再次的偵查此刑事案件的。
