員工在職期間生病主動離職的，公司不需要支付補償金，但需要出具解除勞動合同證明，並在十五日內爲勞動者辦理檔案和社會保險關係轉移手續。
《勞動合同法》
第三十七條【勞動者提前通知解除勞動合同】勞動者提前三十日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。
第五十條【勞動合同解除或者終止後雙方的義務】用人單位應當在解除或者終止勞動合同時出具解除或者終止勞動合同的證明，並在十五日內爲勞動者辦理檔案和社會保險關係轉移手續。
勞動者應當按照雙方約定，辦理工作交接。用人單位依照本法有關規定應當向勞動者支付經濟補償的，在辦結工作交接時支付。
用人單位對已經解除或者終止的勞動合同的文字，至少儲存二年備查。
二、員工在職期間生病法定醫療期內可以辭退嗎?
員工在職期間生病，法定醫療期內公司不能辭退勞動者。根據規定，勞動者有下列情形之一的，用人單位不得解除勞動合同：
(一)從事接觸職業病危害作業的勞動者未進行離崗前職業健康檢查，或者疑似職業病病人在診斷或者醫學觀察期間的;
(二)在本單位患職業病或者因工負傷並被確認喪失或者部分喪失勞動能力的;
(三)患病或者非因工負傷，在規定的醫療期內的;
(四)女職工在孕期、產期、哺乳期的;
(五)在本單位連續工作滿十五年，且距法定退休年齡不足五年的;
(六)法律、行政法規規定的其他情形。
事實上，法律制度中明確規定，對於生病的員工來講，法定醫療期內公司不可以單方面解除勞動合同，可是員工有主動離職的權利，如果公司並沒有做出任何損害勞動者合法權益的行爲，是勞動者想要離職的，公司不需要因爲勞動者生病專門支付一筆補償金。
