首先，兩者的企業性質不同：
一人公司是獨立的企業法人，具有完全的民事權利能力，是有限責任公司中的一種特殊類型。而個人獨資企業不具備獨立法人身份。
其次：兩者可以設立主體不同：一人公司的設立主體可以是自然人，也可以是法人。而個人獨資企業的設立主體只能是自然人。
再次：納稅要求不同：一人公司繳納企業所得稅。而個人獨資企業自身不繳納企業所得稅，只待投資者取得投資回報時繳納個人所得稅.最後，最重要的是承擔責任不同：個人獨資企業不具有法人資格，投資人以個人財產對企業債務承擔無限責任。而一人有限公司是獨立的企業法人，股東僅以其認繳的出資額爲限對公司債務承擔有限責任，通常不會牽涉到股東的其他個人財產，經營風險較小。
《公司法》第五十七條 一人公司的概念
一人有限責任公司的設立和組織機構，適用本節規定；本節沒有規定的，適用本章第一節、第二節的規定。 本法所稱一人有限責任公司，是指只有一個自然人股東或者一個法人股東的有限責任公司。
