有關遲到扣工資的具體法律依據已被廢止，但是，並不是說員工遲到，用人單位扣工資就是不合法的，是否合法要看具體情況。
(1)首先，法律既要維護勞動者的合法權益，又要考慮保障企業和僱主進行正常、有效的勞動管理和企業管理，維護企業和僱主的合法權益。法律對維護職工合法權益和提高企業管理效益二者都要兼顧；
(2)其次，勞動者肆意遲到等行爲應屬於違反勞動紀律，用人單位應當有權在規章制度或企業獎懲制度中，對此類行爲進行一定的處罰，以實現雙方的權利義務平等。
如果用人單位有關員工遲到扣工資的規定符合這三個條件的情況下制定是不違法的。
1、一是要經職工討論。
2、二是公示或者告知職工。
3、三是不得違反法律法規的規定。
以下5點公司不得扣員工工資：
1、員工沒有按時完成工作任務
(1)很多公司會與員工簽訂這樣的協議或者寫入公司規定:如果員工沒有按時完成工作任務，比如說好的賣出多少東西沒做到，就按一定的比例扣除員工的工資。
(2)這種協議是不具有法律效應的，《勞動法》規定：只要員工提供了正常的勞務，並且在勞動中無懶散等不良行爲，公司就不能對員工罰款，應該全額發放工資。
2、員工因不可抗因素遲到早退
員工無故遲到早退曠工公司當然是可以根據規章罰款，但法規規定：員工因不可抗因素(例如地震、水患、火災等)而出現上述行爲時，公司不能剋扣員工工資。
3、員工辭職未提前一個月通知
如果員工的“通知離職日期”沒有比“擬離職日期”提前一個月，公司應該根據實際情況處理，但無論如何不能以此爲由剋扣員工工資。
4、女員工孕期頻繁請產檢假
(1)很多公司都規定了產假的期限，一般都比較充足。但一些不成熟的小公司沒有相關規定，當女員工孕期要頻繁請假去檢查時，有的老闆就開始犯嘀咕了，想以員工請假次數太多來扣工資，這也是不合法的。
(2)《女職工勞動保護特別規定》規定：孕期請假檢查不但不能扣工資，公司還應該將這些時間計入該女員工的勞動時間，算正常出勤，不能按病假、事假、曠工等來處理。
5、員工被“強行”捐贈
有的公司會和一些公益組織合作，或者經常自己搞一些公益活動，捐款捐物。也會號召員工捐款，並直接從工資扣除，這更是不合法的。《公益事業捐贈法》規定：員工有權自行決定是否捐款以及捐款的數額，並且應自行處理捐出的財物，公司不能直接從員工工資里扣除。
如果用人單位以遲到、請病假等爲理由扣除員工的工資的，員工可以進行投訴，或者是向勞動仲裁委員會申請勞動仲裁，請求單位支付足額的工資，如果單位拒不支付的，可以向人民法院提起訴訟，請求人民法院裁決，並申請強制執行，從而拿回自己應得的勞動報酬。
