根據《勞動合法》的相關規定如果是因爲勞動者的離職給公司造成了一定的損失，公司是可以從勞動者的工資中扣除一定的金額作爲賠償的，但是公司只是因爲員工自動離職不發放工資是不合法的。
自動離職，指勞動者根據用人單位和自身情況擅自離職，而強行解除與用人單位的勞動關係的一種行爲。因辭職或要求解除合同未準，擅自離職或違約出走;未說明原因不辭而別;受優厚待遇誘惑擅自“跳槽”等均屬自動離職。屬於違法解除合同，按照《勞動合同法》第九十條、勞動部《關於實行勞動合同制度若干問題的通知》(勞部發〔1996〕354號)第18條規定，因此對用人單位造成損失的，應當承擔賠償責任。用人單位要求勞動者賠償損失的，應當承擔舉證責任。
工資，是指用人單位依據勞動合同的規定，以各種形式支付給勞動者的工資報酬。勞動者付出了勞動，用人單位即應按照合同約定的標準支付報酬。根據勞動部《工資支付暫行規定》第九條規定，無論是解除合同是否合法，用人單位均應在解除合同之時一次性結清工資。
賠償損失與結清工資是不同的法律關係，二者應當分別計算，合併結算。
如果是給用人單位對自動離職的員工拒發工資，有以下兩個途徑可以要求支付工資：
1、勞動者可以到當地勞動局勞動監察投訴;
2、可以到當地勞動局(人力資源和社會保障局勞動爭議仲裁委員會)申請仲裁，要求支付工資。如果未簽訂勞動合同，可以要求支付未簽訂勞動合同的雙倍工資。如果是以拖欠工資提出的解除勞動關係，還可以要求支付經濟補償金。
