一、學校後勤員工加班工資發放方案違法怎麼辦?
學校後勤員工加班工資發放方案違法的，可以向勞動行政部門投訴。
《勞動法》第八十九條 用人單位制定的勞動規章制度違反法律、法規規定的，由勞動行政部門給予警告，責令改正;對勞動者造成損害的，應當承擔賠償責任。
二、加班工資的計算依據是什麼?
(一)安排勞動者延長工作時間的，支付不低於工資的百分之一百五十的工資報酬;
(二)休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低於工資的百分之二百的工資報酬;
(三)法定休假日安排勞動者工作的，支付不低於工資的百分之三百的工資報酬。
三、後勤員工被拖欠加班工資申請仲裁需準備哪些材料?
1、勞動仲裁申請書。
2、申請人身份證明及複印件。
3、有委託代理人的，需當面簽定並提交《授權委託書》，註明委託事項，同時提交受委託代理人的身份證複印件。
4、被申請人工商註冊資訊資料。
5、申請人與被申請人存在勞動關係的證明材料。
6、《提交證據材料清單》一式兩份。
四、後勤員工被拖欠加班工資的仲裁流程有哪些?
1、提交申請書：當事人申請仲裁，應當提交書面仲裁申請書，並按照被申請人數提交副本。
2、仲裁受理：仲裁委員會應當自收到仲裁申請之日起五日內作出受理或者不予受理的決定。仲裁委員會決定受理的，應當自作出決定之日起五日內將申訴書副本送達被申請人。決定不予受理的，應當說明理由。
3、開庭審理：仲裁庭應當於開庭的五日前，將開庭日期、地點書面通知雙方當事人。無正當理由拒不到庭或者未經仲裁庭同意中途退庭的，對申請人按照撤訴自理，對被申請人可以做缺席裁決。
4、仲裁調解：仲裁庭處理勞動爭議應當先行調解，在查明事實的基礎上促使當事人雙方自願達成協議。調解達成協議的，仲裁庭應當根據協議內容製作調解書，調解書自送達之日起具有法律效力;調解未達成協議的，仲裁庭應當及時裁決。
5、仲裁裁決：仲裁庭裁決勞動爭議案件，應當自勞動仲裁委員會受理仲裁申請之日起四十五日內結束。案情複雜需要延期的，經批准可以延期並書面通知當事人，延長期限不超過十五日。仲裁庭裁決後應當製作仲裁書送達雙方當事人。當事人對仲裁裁決不服的，自收到裁決書之日起十五日內，可以向人民法院起訴;期滿不起訴的，裁決書即發生法律效力。
事實上，不管員工的工作崗位具體是怎樣的，加班工資的發放標準都是國家法律制度明確規定的，比如國家規定的法定節假日的加班工資是平時工資收入的三倍，但是學校制定的發放方案卻是按照工資收入的兩倍計算的，這樣的發放方案並不具有任何法律效力。
