1、證明主體不同。
在刑事訴訟中，證明主體主要是控訴機關和負有證明責任的當事人，具體包括人民檢察院、自訴案件的自訴人。在民事訴訟和行政訴訟中，證明主體主要是當事人。其中，在民事訴訟中，證明主體是各方當事人，並且根據證據證明責任的分配規則分別由各方當事人就一定的事實進行證明。
2、證明對象不同。
在刑事訴訟中，證明對象主要是犯罪嫌疑人、被告人是否實施了犯罪行爲的事實以及是否具有從重、加重或者從輕、減輕、免除處罰的事實。在民事訴訟中，證明對象主要是當事人之間民事權利義務發生、變更和消滅的事實。
3、證明手段不同。
在證明手段方面，雖然三大訴訟法關於證據種類的規定基本相同，但同一種類證據在不同訴訟中的證明意義卻不完全相同。如在民事訴訟中，被告的承認在一般情況下可以免除原告對事實主張的舉證責任;但在刑事訴訟中，只有被告人供述，沒有其他證據的，不能認定被告人有罪和處以刑罰。而且，在證據的收集、提供方面，三大訴訟法亦存在着不同。在刑事訴訟中，履行控訴職能的機關(人民檢察院和公安機關)具有強大的偵查能力，可以動用國家權力去收集證據。相比較而言，民事訴訟當事人收集證據的方法則要受到很多的限制，收集證據的能力較弱。
二、刑事訴訟和民事訴訟有哪些區別？
1、提起訴訟的主體不同
民事訴訟中雙方當事人都可以提起訴訟，原告起訴後，被告可以反訴刑事訴訟除自訴案件有自訴人提起訴訟外，均有人民檢察院提起訴訟。
2、舉證責任不同
在民事訴訟中，誰主張權利誰負責舉證在行政訴訟中，只有被告(行政機關)負責舉證。在刑事訴訟中，公訴人負有提供被告有罪的證據、並加以證明的責任，被告人不負舉證責任，但可以提供自己罪輕或無罪的材料爲自己辯護。
3、適用的法律不同
民事訴訟主要適用《民法通則》和《民事訴訟法》刑事訴訟主要使用《刑法》和《刑事訴訟法》。
4、案件性質不同
民事訴訟管轄民事糾紛(就是民告民)，刑事訴訟負責刑事犯罪追究刑事責任(官告民)。
5、是否使用調解不同
民事訴訟中調解是一項基本原則，法院既可以調解的方式進行審理，也可以調解的方式結案，有一些民事案件必須經過調解這一程序刑事訴訟中的調解主要針對自訴案件及附帶民事訴訟就定罪量刑問題不適用。
相關法律依據：
根據《刑事訴訟法》第五十一條，公訴案件中被告人有罪的舉證責任由人民檢察院承擔，自訴案件中被告人有罪的舉證責任由自訴人承擔。
綜上所述，對於刑事訴訟法和民事訴訟法來說，其最大的區別就是證明主體的不同，在刑事訴訟法中其證明主體是檢察機關和受害者，民事訴訟法中則是民事糾紛事件的當事人;除此之外，對於二者的證明對象及其手段的不同也需差別對待，因此就需要透過法律使各類糾紛得到妥善處理。
