我國《勞動法》第二十二條規定：“勞動合同當事人可以在勞動合同中約定保守用人單位商業祕密的有關事項。”因此，用人單位可以在勞動聘用合同、知識產權權利歸屬協議或者技術保密協議中，與相關人員訂立保密合同。利用合同對商業祕密進行保護，是一種比較好的選擇。因爲在用人單位依據勞動合同提起侵犯商業祕密的訴訟時，由於用人單位手中有一份與被告簽署的保密合同，合同已載明瞭商業祕密的名稱、範圍及其他條款，用人單位在訴訟中僅憑合同本身就能夠證明被告已經知道特定的資訊是原告的商業祕密，並且承諾承擔相應的保密義務和違約責任，從而使用人單位的舉證工作變得相對容易，勝訴的可能性隨之增大。
2、企業可以採取經濟手段保護商業祕密。
一是以優厚的待遇來保護商業祕密。即對接觸、使用企業商業祕密的職工，特別是進階管理人員給予較優厚的工資、獎金、津貼待遇，同時在勞動合同中寫明，一旦享受特殊津貼，則應負有相應的保密義務。
二是以勞動合同長期化來保護商業祕密。在職員流動比較普遍的今天，這一方法更具有重要作用。勞動合同長期化，可以使關鍵崗位(接觸、掌握商業祕密)的職工，由於收益長期性的預期而留在崗位上。
三是以吸納股東來保護商業祕密。即允許商業祕密的發明人，接觸、掌握商業祕密的人擁有部分股權，成爲企業的股東，使之與企業形成休慼相關的命運共同體。
3、企業應當建立健全商業祕密保護制度。
一是建立商業祕密的保護機構。商業祕密與國家祕密雖然層次不同，但保護的要求、制度措施、防範手段、宣傳教育等大體相似，因此可以把國家祕密與商業祕密納入統一管理，分別對待。如果原來已有機構管理國家祕密的，可以由其承擔管理國家祕密和商業祕密的雙重任務。不過，這樣做的前提是要加強保密機構的力量。目前，一些國有企業已經開始這方面的嘗試。他們的主要做法是：明確一名企業主要領導人負責保密委員會的全面工作;在保密委員會成員中增加行政業務處室領導的比例;明確懂技術、通業務的專職人員負責商業祕密的日常管理。
二是建立企業內部的保密制度。國家保密部門已經頒佈的一系列保守國家祕密的制度，是針對各種泄密渠道提出的保密行爲規範，很多都適合於商業祕密的管理，企業可以根據商業祕密的不同特點，進行取捨、充實，制訂出一套符合商業祕密運作規律的管理制度。
雖然國家法律制度肯定是保護商業祕密的，但在商業祕密受到侵犯的情況下，就算是追究了侵權方的刑事責任，可能也難以彌補給公司造成的損失，所以從一開始公司就要重視對商業祕密的保護。
